En este caso hay una forma de desactivar las actualizaciones automáticas. No es una manera fácil e intuitiva de hacerlo, pero al menos existe.
Para ello se debe visitar la siguiente dirección:
http://www.macromedia.co.../settings_manager05.html
Luego debemos desactivar la opción "Notify me when an update to Adobe Flash Player is available."
Si no se quiere desactivar es posible cambiar la frecuencia con que se desea comprobar las actualizaciones.