Esto ocurrirá incluso si la consulta se ejecuta en modo SQLCMD.
En este caso deberemos recurrir a la utilidad SQLCMD desde la línea de comandos. Con la siguiente sintaxis:
SQLCMD -S [servidor] -d [base de datos] -E -i [ruta al archivo]
Por ejemplo:
SQLCMD -S EQUIPO\SQLExpress -d Documentos -E -i C:\Docs\Data.sql

